Любовта към родната история, която прераства по-късно в призвание, започва рано у Иван Снегаров. „За нас – си спомня той – нямаше по-любим предмет от българската история, която учителите ни преподаваха някак скришом, без учебници, и ние запомняхме историческите факти само по техните въодушевени разкази.”

Иван Йончев Снегаров е роден на 30 септември (12 октомври нов стил) 1883 година в Охрид – средище на средновековната българска култура, град с богато революционно минало. Баща му – Йонко Снегаров, родственик на легендарния хайдутин Кузман Капитан, бил родолюбиц и другар на Григор Пърличев. За него синът си спомня ревността, с която е работил, за да издигне просветното ниво на сънародниците си.
Останал сирак в бедно семейство, Снегаров още от ранни детски години вкусва от немотията. Учи в гръцкото и българското училище на родния си град, като познанията си по гръцки език по-късно използва и в научната си дейност. През 1898 година завършва трикласното училище.
Иван Снегаров се запознава с идеите на българските националреволюционери – братя Миладинови, Григор Пърличев, Атанас Узунов, Иван Групчев. От учителката Неделя Петкова (Баба Неделя) наизустява песните на Добри Чинтулов и Христо Ботев. Изучава миналото на своя град, пита и разпитва за съзаклятието на Натанаил Охридски, за съгражданите си, тръгнали с четите на Филип Тотю, Панайот Хитов и Ботев, събира данни за охридчаните, взели участие в Руско-турската война. Заради голямото си прилежание и ученолюбие получава стипендия, отпусната от българската екзархия в Цариград, където завършва през 1906 година Духовната семинария. За да може да се препитава става учител в Енидже Вардар, а по-късно чиновник в Българската екзархия в Цариград. Жаждата му за знания не го напуска, спечелил вече благоволението и покровителството на екзархийските власти, две години по-късно Иван Снегаров получава стипендия за Киевската духовна академия, която завършва с отличие през 1912-та със звание „кандидат на богословските науки”. Дисертацията му за това звание е посветена на Охридската архиепископия – тема, която по-късно е разширена и става основа на неговата обемиста, двутомна „История на Охридската архиепископия-патриаршия” (излязла 1924, 1932).

Снегаров разказва за студентските години в Киевската духовна академия и за защитата на дисертацията си, запис 1967 година, Златен фонд на БНР:

„По време на осемвековното си съществуване Охридската архиепископия е свързана с почти всички балкански държави. Нейната история е великолепна  илюстрация на сложния, труден и мъчителен път, извървян от част от българската нация.
Първият том проследява историята на Охридската архиепископия от нейното създаване до завладяването на Балканския полуостров от турците.
Авторът ни запознава с личности, чиято историческа значимост далеч надхвърля регионалните граници. Сред тях са св. Климент Охридски, архиепископите Теофилакт Охридски и Димитър Хоматиан и редица други.
Във втория том авторът проследява състоянието на Охридската архиепископия по време на турското робство, от падането ѝ до нейното унищожение (1394-1767). Посочени са границите на епархиите, архиепископите и епархалните архиереи. Изследвани са взаимоотношенията между клира и паството. Специално място е отделено както на устройството и управлението на Охридската църква, притежаваща законодателна, изпълнителна и съдебногражданска власт, така и на избора на йерарсите, на издръжката на клира, на църковната дисциплина и на организацията и дейността на църковния съд.”, цитат от предговора на том 1 и том 2 от „История на Охридската архиепископия-патриаршия”.

Редица години Иван Снегаров е учител по църковна история и руски език в Цариградската семинария, в педагогическото училище в Серес, в солунската българска гимназия, в град Ямбол, през 1919-1920 година в Софийската духовна семинария, както и в I-ва софийска мъжка и I-ва софийска девическа гимназии. Наред с педагогическата си дейност Снегаров започва своите научни приноси, които излизат последователно и начесто в авторитетното списание „Македонски преглед” от 1925 до 1943 година. Всички те са свързани с любимата му Македония, с родния му град и с българската история.
Дошъл за първи път в България през 1913 година, Иван Снегаров върши тук активна обществена дейност. Членува в Охридското културно-просветно дружество, член е на Македоно-Одринската революционна организация, редактор на вестник „Автономна Македония”, член-учредител на Македонския научен институт и редактор на неговия орган „Македонски преглед”.
Трудът за Охридската архиепископия донася на Иван Снегаров заслужено признание – доцент в Богословския факултет към Софийския държавен университет. През 1929-а за научата си творба „Отношенията между българската църква и другите православни църкви след провъзгласяването на схизмата” той е избран за извънреден професор. Когато богословският факултет е отделен от Университета през 1950 година, Иван Снегаров е титуляр на катедрата по църковна история при Духовната академия в София. А година по-късно, макар и в пенсия, Снегаров продължава да завежда същата катедра до 1956-а като хоноруван професор. През своята университетска дейност той на три пъти е бил и декан на Богословския факултет (1934-1948). Плодотворната научна дейност на църковен историк му носи заслужено признание и от страна на Българската академия на науките (БАН). През 1935 година той става неин дописен член, а 10 години по-късно вече е и редовен член – академик. Като църковен учен и богослов Снегаров сътрудничи на много църковни издания, редактор е на вестник „Църковен страж” и сътрудник на „Църковен вестик”.

Като демократ Иван Снегаров има огромна роля в съзиданието на България, носи съществен принос в преустройството на българската историческа наука. На него възлагат ръководството на изграждащия се Институт за история на БАН (1947-1950), а от 1951 до 1959 година Снегаров е директор на Архивния институт при академията. През тези години излиза обобщаващият му труд в два тома: „Кратка история на съвременните православни църкви”.
Наред с църковната история акад. Снегаров разработва и значими изследвания на светска тематика. Повечето от тях са посветени на родния му край: „Нови данни за българщината в Македония”, „Византийски свидетелства от XI, XII и XIII век за българския характер на Македония”, „Град Охрид”, „Солун в българската духовна култура” и много други.
Забележителни са и „Турското владичество, пречка за културното развитие на българския народ и другите балкански  народи”, както и изследванията му за Климент Охридски, Черноризец Храбър, Паисий Хилендарски, Неофит Рилски, Райно Попович… – огромно творчество, белязано от научна добросъвестност и изключителна ерудиция.
Воден винаги от дълбокото си чувство за обществена отговорност Снегаров се включва енергично във всички дискусии, които предшестват написването на „История на България”. Сам той пише няколко предварителни разработки, които отпечатва на страниците на „Исторически преглед” върху периодизацията и върху класите сред българското общество през Възраждането.
Съществено място заемат и трудовете на Иван Снегаров, посветени на българо-руските връзки, в които той изтъква приноса на българския народ за изграждането на средновековната руска култура, както и обратното влияние.
Историкът е носител на орден „Кирил и Методий” I степен и почетното звание „Заслужил деятел на културата”. Участвал е във византоложките конгреси в Белград (1927), Атина (1930) и Рим (1936).
Много преди да напусне земните селения на 1 март 1971 година Снегаров потвърждава, че той, неговите родители, както и всички останали охридчани, винаги са се чувствали българи.
„Той беше колкото трудолюбив, толкова и скромен човек – не обичаше да ходи по конгреси, не търсеше да си създава особена известност. Затова и в архива му няма много писма или отзиви от чужбина. Но в нашето историческо наследство той заслужава да заеме мястото си”, пише за Иван Снегаров българската византоложка Василка Тъпкова-Заимова.